Нумерация протоколов с 2014 года:

Государственный экзамен: протокол № _12.1э/1-1  
где 
12.1 – номер пункта приказа о составе ГЭК, определяющий состав ГЭК по приему государственного экзамена 
Э  - признак экзамена.
/1 – номер книги протоколов ГЭК по приему государственного экзамена.
-1  - порядковый номер протокола в книге.

Защита ВКР: протокол № _12.2з/1-1  
где 
12.2 – номер пункта приказа о составе ГЭК, определяющий состав ГЭК по защите ВКР.
з  - признак защиты ВКР.
/1 – номер книги протоколов ГЭК по защите ВКР.
-1  - порядковый номер протокола в книге.

Для «недопущенных к защите ВКР»: протокол № _12.2/1-1  
где 
12.2 – номер пункта приказа о составе ГЭК, определяющий состав ГЭК по защите ВКР.
/1 – номер книги протоколов ГЭК по защите ВКР.
-1  - порядковый номер протокола в книге.